جزیره ای در جنوب ژاپن. «سوسوکه» پسر بچه ای پنج ساله است که همراه مادرش در خانه ای کوچک بالای صخره ای مشرف به یک شهر کوچک بندری زندگی می کند. او با یک ماهی قرمز کوچولوی دختر به نام «پونیو» دوستی پیدا می کند که آرزو دارد انسان بشود.

دختری 10 ساله در نقل مکان خانواده‌اش به حومه شهر، در دنیایی سرگردان می شود که توسط خدایان، جادوگرها، و هیولاها اداره میشود؛ جایی که انسان‌ها به شکل حیوانات در می آیند...